2 июля 2013 года ракета-носитель "Протон-М" с разгонным блоком ДМ-03 и тремя российскими навигационными космическими аппаратами "Глонасс-М", стартовавшая с Байконура, упала на первой минуте старта. Ущерб от аварии оценили в 4,4 миллиарда рублей, оказалось, что космические аппараты не были застрахованы.
По факту аварии Следственный комитет РФ возбудил дело о нарушении правил безопасности при проведении работ. В начале предпологалось, что виноват топливопровод, который либо засорился, либо прогорел при старте, но позже выяснилось, что причиной стала неправильная установка датчиков угловой скорости. В свою очередь, специалисты Центра имени Хруничева, участвовавшие в установке датчиков на потерпевший аварию Протон-М", вину не признают.
После падения "Протон-М" было принято решение о реформе в космической отрасли. Правительство планирует объединить предприятия российской ракетно-космической отрасли в рамках акционерного общества. Президент России Владимир Путин создал для подготовки реформы специальную комиссию во главе с вице-премьером Дмитрием Рогозиным, который, заявил о серьезных кадровых перестановках в отрасли.
Спустя месяц после того, как ракета-носитель взорвалась Дмитрий Медведев объявил выговор главе Роскосмоса Владимиру Поповкину за "ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей". Впрочем, с чем именно было связанно это решение премьер-министра, пресс-служба правительства так и не уточнила.
Первый после аварии запуск с Байконура ракеты-носителя намечен на сентябрь. Всего до конца этого года планируется осуществить от четырех до пяти запусков ракет-носителей "Протон-М".